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Il lago Ganzirri ha forma allungata nel senso SW-NE e si estende per una superficie di mq 338400,misura una larghezza massima di mt 252, una lunghezza di  mt  1670 e  raggiunge  la  profondità  di mt  6,5 .

Il rapporto  tra l’estensione del lago, la scarsa quantità d’acqua contenuta,  l’elevato apporto di acque freatiche  e la presenza di sorgive, permette che i livelli di salinità siano meno elevati rispetto  a quelli rilevati nel lago Faro.

E’ collegato al mare da due canali: il canale Catuso ,coperto, ed il canale  Carmine o canale Due Torri, scoperto. I predetti canali vengono aperti saltuariamente per ossigenare le acque soprattutto nel periodo estivo,  quando  le temperature sono molto elevate. L’apertura dei canali va fatta nei tempi giusti ed in modo graduale per evitare che l’idrogeno solforato, prodotto        dal      batterio   Desulfuvibrio Desulfuricans emerga distruggendo la fauna ittica presente  nel lago.

L’aspetto più affascinante sta nella particolare conformazione geologica dello stesso:

dai parametri rilevati sull’andamento di costa e fondale risulta che  la conca lacustre si estende lungo i primi 1130 mt mentre i restanti 490 mt    sono da considerarsi parte integrante di un altro lago.

Il sottilissimo strato d’acqua presente nel  tratto a circa 1100 mt   a  NE  da Ganzirri inibisce  la   comunicazione   tra  le  due   aree che risultano avere caratteristiche chimico-fisiche differenti.

Si può quindi sostenere che il lago Ganzirri  presenta due Biotopi cioè due ecosistemi coesistenti nello stesso specchio d’acqua.

Le suddette valutazioni ci portano alla conclusione che, seppur con un pò di fantasia, il lago Madonna di Trapani continua a sopravvivere come appendice dell’attuale lago Ganzirri  (osservandolo attentamente dalla zona Due Torri si può facilmente intuire l’ipotetica linea di demarcazione dei due laghi, anticamente attigui).