L'Imperatore Federico I Barbarossa, dopo la pace di Costanza, nel 1183, favorì le nozze del figlio Enrico con Costanza d'Altavilla, zia di Guglielmo il Buono, Re di Sicilia. Da quel matrimonio, ebbe inizio la feroce guerra tra Svevi e Normanni, risoltasi con la vittoria degli Svevi.
Morto Enrico, dopo appena sette anni di regno, nel 1197, gli successe il figlio Federico Ruggero, di appena tre anni. La madre, Costanza, prima di morire, affidava il bambino alle cure del Papa Innocenzo III, dopo averlo fatto incoronare Re di Sicilia e di Puglia nella Cattedrale di Palermo.
Appena quattordicenne, Federico assunse in modo energico e diretto il potere nell'Italia meridionale, ripromettendosi di sistemare le cose di Germania in tempi più favorevoli.
Nel 1212, infatti, dopo essersi fatto incoronare Imperatore del Sacro Romano Impero col nome di FEDERICO II, si recò in Germania per opporsi all'Imperatore Ottone di Brunwick, caduto in disgrazia di Innocenzo III.
Nel 1222 tornò in Italia, emanò gli Editti di Capua, fondò, nel 1224, l'Università di Napoli e si accinse a partire per la Crociata promessa al Pontefice Onorio III.
Nel 1225, dopo la morte della prima moglie, Federico II, sposò in seconde nozze Jolanda Isabella di Brienne, figlia di Giovanni di Brienne, re di Gerusalemme.
Pur essendo pronto, nel 1227, a salpare da Brindisi per la Crociata promessa ad Onorio III, fu costretto a rinunciarvi a causa dello scoppio di una violenta epidemia di peste.
Ma Papa Gregorio IX, successo ad Onorio, non volle credere a Federico e decise di scomunicarlo, sciogliendo i sudditi dal vincolo di fedeltà.
Nello stesso anno, Jolanda, dopo avrer dato allla luce un bambino, che succederà al padre con il nome di Corrado IV, moriva di parto e veniva sepolta, per volontà dell'Imperatore, nella Cripta della Cattedrale di Andria.
Federico partì intanto, nonostante la scomunica, per la Crociata.
La spedizione si risolse grazie a trattative diplomatiche con il sultano Al Kamil, senza spargimento di sangue, e Federico ottenne la corona di Re di Gerusalemme.
Tornato in Italia nel 1229, Federico dovette affrontare i disordini e le ribellioni del regno, causati dalla scomunica.
Molte città non riconobbero la sua autorità, ma Andria gli rimase fedele e gli aprì le porte, offrendogli le chiavi della città. A questa vicenda è legata la costruzione dell'Arco di Sant'Andrea, sul quale, ancora oggi si legge: "Andria fidelis, nostris affixa medullis".

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