L'USI venne fondata nel 1912 a Modena al Congresso nazionale dell'Azione diretta dai delegati delle Camere del Lavoro rivoluzionarie. Nasce in quella occasione un sindacato autenticamente libertario e federalista, che assume una grande importanza nelle lotte dell'epoca, in opposizione al sindacalismo riformista ed alla burocrazia sindacale.
Ebbe un ruolo di primo piano in occasione della storica "settimana rossa"  del 1914 e durante il biennio rosso 1919 - 1920, quando l'USI promosse l'occupazione e l'autogestione delle fabbriche. I suoi aderenti (che in quegli anni erano circa 300 mila) subirono le persecuzioni fasciste; l'USI venne sciolta nel 1925 ad opera del Prefetto di Milano, su ordine di Mussolini.
Nel dopoguerra vi furono vari tentativi di riattivarla; solo alla fine degli anni '70 si riuscì a costruire una rete nazionale. La sua presenza nelle lotte dei lavoratori autorganizzati parte però dal Congresso di Roma del '90; da allora l'USI è in continua espansione nei settori pubblici e privati.
L'attuale SEGRETARIO GENERALE è GIUSEPPE CARBONARA della Federazione USI BARI; l'USI ha sedi a Roma, Milano, Udine, Bari .. ed è presente in una trentina di province con i suoi sindacati nazionali, che rappresentano i principali settori pubblici e privati
Fedele alla propria tradizione, l'USI sostiene la lotta di classe e si definisce l'unico sindacato veramente autogestionario; nell'USI sono i lavoratori organizzati a decidere e non "altri".